1、流程上的区别，财政直接支付直接上报财政局国库支付中心。授权支付需要先向财政部申请用款额。
2、指令签发方的区别，财政直接支付由财政部门向中国人民银行和代理银行签发支付指令。由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令。
3、支出内容的区别。
1、由预算单位按照年初部门预算控制数或批准的部门预算(包括调整预算)，按季编制分月用款计划，向财政部门申报，并由财政部门正式批复给预算单位。
2、预算单位需要支付资金时，由预算单位根据财政部门批复的分月用款计划，向财政部门提出支付申请。
3、财政部门审核无误后，向代理银行签发财政直接支付令，通知代理银行从财政零余额账户付款给收款人(垫付)，同时向中国人民银行或预算外非税收入财政专户行发出清算信息。
4、每日营业终了,财政部门从国库单一账户或预算外非税收入财政专户付款到代理银行财政零余额账户。
1、由预算单位按照年初部门预算控制数或批准的部门预算(包括调整预算)按季编制分月用款计划，并向财政部门申报。
2、财政部门批复后，每月25日向代理银行下达下一月份授权支付额度，同时通知中国人民银行或预算外非税收入资金财政专户银行。
3、代理银行负责将授权支付额度以到帐通知书的形式通知到预算单位。预算单位在月度用款额度内，根据支出需要自行开具授权支付令并通知授权支付代理银行，由代理银行按照财政部门批复的额度从预算单位零余额账户中付款垫支。
4、每日营业终了，财政部门从国库单一账户或预算外非税收入财政专户付款到代理银行预算单位零余额账户。
