短时间存储
如一个月或更少时间的话，那只需要放在阴凉干燥的地方就行了，温度一般不超过（据《中国药典》规定，阴凉处是指温度不超过），但要注意防虫蛀（冬虫夏草来源于泥土中，而泥土中有时候会存有虫卵，如果正好污染到冬虫夏草，那么防止冬虫夏草的虫蛀也是十分有必要的）。
存储几个月或更长时间
可以将冬虫夏草与干燥剂一同放在密闭的瓶子里进行冷藏，温度一般控制在-~之间。但是，冷冻后的冬虫夏草，一旦解冻后就会出现虫体变软，如果没有及时食用，再次冷冻虫草口感等也会发生变化。所以每次从冷冻中取出的虫草解冻后必须一次食用完。
除上述方法外，利用除氧保鲜技术来保存冬虫夏草，将除氧剂和药材一同置于密封的复合薄膜罩、袋内，使其密封空间的氧浓度降至左右，这样就可以有效的控制微生物和害虫的生长繁殖，从而有效的减少冬虫夏草的虫蛀、腐败、霉变等情况的发生。
实验证明，采用除氧保鲜养护的虫草，在长达两年的贮藏期内，品质完好，无虫霉和损耗。但是，这种保存方法也只是解决虫草的外观问题，而外观好不代表药效好。
据现代研究发现，冬虫夏草成分中除了多糖、腺苷等化合物，还含有丰富的蛋白类成分，而这些冬虫夏草蛋白组分表现出来的调节免疫作用与中医认为的整体阴阳平衡、扶正固本的补益理论相契合。有关冬虫夏草的蛋白类实验表明，冬虫夏草中的总蛋白含量在温度-的情况下存放后，其总蛋白含量会减少。因此，建议购买后及时使用，不要以为存放时间越长药效越好。
综上所述，冬虫夏草一次性还是不要购买太多，以免造成冬虫夏草的损耗。如果发现家中的冬虫夏草已经受潮了，可以立即将虫草进行暴晒，或用炭火微微烘焙干燥后，再进行短暂的存放或尽快服用。
