东南大学前身是创建于1902年的三江师范学堂。1921年经近代著名教育家郭秉文先生竭力倡导，以南京等师范学校为基础正式建立东南大学，成为当时国内仅有的两所国立综合性大学之一。
东南大学是我国最早建立的高等学府之一，素有“学府圣地”和“东南学府第一流”之美誉。郭秉文先生出任首任校长，他周咨博访、广延名师，数十位著名学者、专家荟萃东大，遂有“北大以文史哲著称、东大以科学名世”之美誉。
1928年学校改名为国立中央大学，设理、工、医、农、文、法、教育七个学院，学科之全和规模之大为全国高校之冠。
1952年全国院系调整，学校文理等科迁出，以原中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在中央大学本部原址建立了南京工学院。
1988年5月，学校复更名为东南大学，校庆日为每年6月6日（原国立东南大学校庆日）。
2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建了新的东南大学。
